Alors que les Spies mènent l'enquête sur une étrange série d'attaques, elles découvrent que les victimes sont littéralement congelées, de façon aussi totale qu'inexplicable. En approfondissant leurs recherches, elles découvrent qu'un marchand de glaces malfaisant est à l'origine de ces attaques. Totally Spies! raconte l'histoire de Sam, Alex et Clover, trois jeunes étudiantes qui travaillent pour le WOOHP en tant qu'agent secrets. Ensemble, elles luttent contre des super-vilains dans le but de protéger l'humanité!