Søs og Pelle og nissen på loftet handler om to forældreløse børn, der er i pleje på en gård, hvor deres eneste trøst er den gamle ko, Kornblomst. Herluf er søn på gården og en doven, forkælet dreng og børnenes plageånd både hjemme og i skolen. En dag sker der noget usædvanligt. Herluf løber væk fra skolen, og Søs og Pelle oplever nogle mystiske og dramatiske ting. Og hvem er det så, der har en finger med i spillet? Nissen på loftet, selvfølgelig! Historien ender, som den slags historier tit gør, men har alligevel en overraskende slutning.
